Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych ad

Dlatego zsekwencjonowaliśmy egzaminy następujących po sobie pacjentów z zaburzeniami rozwoju intelektualnego, które miały niewyjaśniony fenotyp metaboliczny, a następnie wykorzystaliśmy półautomatyczny rurociąg bioinformatyczny i multidyscyplinarne podejście do identyfikacji przyczynowych wariantów. Metody
Pacjenci
Pacjenci w każdym wieku byli kolejno zapisywani, jeśli potwierdzili lub potencjalnie intelektualne zaburzenia rozwoju (tj. Obecność toksycznych metabolitów, o których wiadomo, że powodują uszkodzenie mózgu w okresie noworodkowym) wraz z fenotypem metabolicznym o nieznanej przyczynie po kompleksowym fenotypie klinicznym z rozległymi wcześniejsze testy metaboliczne lub genetyczne. Fenotyp metaboliczny został zdefiniowany jako jeden lub więcej z następujących: wzorzec nieprawidłowych metabolitów w moczu, krwi lub płynie mózgowo-rdzeniowym; nieprawidłowe wyniki badań czynnościowych na poziomie biochemicznym lub komórkowym (np. niedobór kompleksu mitochondrialnego-oddechowego); lub nieprawidłowości w historii klinicznej (np. regresja rozwojowa lub poznawcza), badanie fizykalne (np. organomegalia), neuroobrazowanie lub analiza fizjologiczna (np. leukodystrofia) lub analiza patologiczna (np. wakuole do przechowywania) sugerujące zaburzenie neurometaboliczne.
Badanie zostało zatwierdzone przez komisję etyczną Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Kolumbii Brytyjskiej. Każdy pacjent lub wyznaczony opiekun wyraził pisemną świadomą zgodę na udział w badaniu i publikację wyników. W trakcie procesu świadomej zgody badacze wyjaśniali pacjentom i ich rodzinom ryzyko i korzyści wynikające z opartego na badaniach, sekwencjonowania całego egzema, oraz zapewniono opcję ujawnienia przypadkowych wyników możliwych do zastosowania w praktyce.
Analiza sekwencjonowania i bioinformatyki
Wyizolowaliśmy genomowy DNA, stosując standardowe techniki, z krwi obwodowej lub śliny uzyskanej z probandu oraz od obojga rodziców i wszystkich dotkniętych i niedotkniętych rodzeństwa (jeśli są dostępne). Przeprowadziliśmy analizę sekwencjonowania całego eksonu na próbkach uzyskanych od probantów, rodziców i każdego chorego rodzeństwa za pomocą ukierunkowanego zestawu do wychwytywania SureSelect (Agilent) w sekwenserze Illumina HiSeq 2000 lub Ion AmpliSeq Exome Kit i Ion Proton System (ThermoFisher) .
Rysunek 1. Ryc. 1. Schemat przepływu przedstawiający metodę odkrycia genomu z wykorzystaniem zjawisk fenolowych i półsutomatyzowanych. Ten proces odkrywania genetycznych podstaw potencjalnie uleczalnych stanów neurometabolicznych u pacjentów z zaburzeniami rozwoju intelektualnego (IDD) obejmuje kombinację głębokie fenotypowanie kliniczne (kompleksowa charakterystyka dyskretnych składników klinicznego i biochemicznego fenotypu pacjenta), analiza sekwencjonowania całego egzaminu, interpretacja zespołu, walidacja i tłumaczenie do warunków klinicznych. Analiza sekwencjonowania całego egzaminu jest przeprowadzana na próbkach DNA uzyskanych z probandu i na dostępnych próbach od rodziców i każdego chorego rodzeństwa. Półautomatyczne badanie wykrywania genów obejmuje ręczną kontrolę jakości danych i interakcje w ramach współpracy między klinicystami, naukowcami laboratoryjnymi i bioinformatycznymi w celu interpretacji, dobór kandydatów do genów oraz kolejne eksperymentalne i kliniczne weryfikacje
[przypisy: Upadłość transgraniczna, naklejka na legitymację, wzorcowanie mierników ]

Powiązane tematy z artykułem: naklejka na legitymację Upadłość transgraniczna wzorcowanie mierników