Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych czesc 4

We wszystkich probantach, badania diagnostyczne zaburzeń rozwoju intelektualnego rozpoczęto we wczesnym dzieciństwie (w latach 90. XX w. Do 2014 r.) Z regularną obserwacją w celu przeprowadzenia dodatkowych badań. Wszyscy pacjenci przeszli badania biochemiczne zgodnie z opublikowanym algorytmem diagnostycznym w odniesieniu do możliwego do leczenia zaburzeń intelektualnego rozwoju10 oraz kombinacji testów genetyki klinicznej (w tym sekwencjonowania mitochondrialnego DNA) bez otrzymania diagnozy. Dziewięć probantów miało wpływ na rodzeństwo, które przeszło również analizę sekwencyjną całego egzaminu. Podsumowanie wyników dla wszystkich 50 pacjentów (41 probantów i 9 rodzeństwa) podano w tabeli S1 w dodatkowym dodatku. Wydajność diagnostyczna
Tabela 2. Czytaj dalej Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych czesc 4

Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych cd

Pokazano zalety diagnozy dla pacjentów i ich rodzin; w niektórych przypadkach diagnoza umożliwia zastosowanie ukierunkowanej strategii leczenia. Szczegóły znajdują się w dodatkowym dodatku. Opracowaliśmy i zastosowaliśmy półautomatyczny schemat wykrywania genów, który obejmuje ręczną kontrolę jakości danych i interakcje między lekarzami i bioinformatkami (rysunek 1). (Szczegóły znajdują się w dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie.) Po zakończeniu sekwencjonowania całego egzonu, dostarczyliśmy formularz skierowania do klinicysty zawierający dane na temat fenotypu, historii rodziny z rodowodem, pochodzeniem i poprzednim wyniki testów diagnostycznych dla wariantu interpretacji. Dokonaliśmy klasyfikacji patogenności wariantów zgodnie z najnowszymi standardami i wytycznymi American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) .12 Geny wariantowe zostały opisane jako nowo zidentyfikowane (powieści), kandydujące lub znane z tego, że powodują choroby.2 Geny, które były opisany jako nowo zidentyfikowany nie był wcześniej zamieszany w chorobę u ludzi i nosił wyraźne niszczące warianty u co najmniej dwóch dotkniętych pacjentów z uderzającym fenotypowym nakładaniem się z niespokrewnionych rodzin. Gdy taki wariant był obserwowany tylko w jednej rodzinie, został opisany jako gen kandydujący.
Wyniki
Pacjenci
Od października 2012 r. Czytaj dalej Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych cd

Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych ad

Dlatego zsekwencjonowaliśmy egzaminy następujących po sobie pacjentów z zaburzeniami rozwoju intelektualnego, które miały niewyjaśniony fenotyp metaboliczny, a następnie wykorzystaliśmy półautomatyczny rurociąg bioinformatyczny i multidyscyplinarne podejście do identyfikacji przyczynowych wariantów. Metody
Pacjenci
Pacjenci w każdym wieku byli kolejno zapisywani, jeśli potwierdzili lub potencjalnie intelektualne zaburzenia rozwoju (tj. Obecność toksycznych metabolitów, o których wiadomo, że powodują uszkodzenie mózgu w okresie noworodkowym) wraz z fenotypem metabolicznym o nieznanej przyczynie po kompleksowym fenotypie klinicznym z rozległymi wcześniejsze testy metaboliczne lub genetyczne. Fenotyp metaboliczny został zdefiniowany jako jeden lub więcej z następujących: wzorzec nieprawidłowych metabolitów w moczu, krwi lub płynie mózgowo-rdzeniowym; nieprawidłowe wyniki badań czynnościowych na poziomie biochemicznym lub komórkowym (np. niedobór kompleksu mitochondrialnego-oddechowego); lub nieprawidłowości w historii klinicznej (np. regresja rozwojowa lub poznawcza), badanie fizykalne (np. organomegalia), neuroobrazowanie lub analiza fizjologiczna (np. Czytaj dalej Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych ad

Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych

Sekwencjonowanie w całym eksonie przekształciło odkrywanie i diagnozowanie genów w rzadkich chorobach. Tłumaczenie na leczenie modyfikujące przebieg choroby jest wyzwaniem, szczególnie w przypadku zaburzeń rozwoju intelektualnego. Jednak wyjątkiem są wrodzone błędy metabolizmu, ponieważ wiele z tych zaburzeń reaguje na terapię, która jest ukierunkowana na cechy patofizjologiczne na poziomie molekularnym lub komórkowym. Metody
Aby odkryć podstawy genetyczne możliwych do leczenia wrodzonych błędów metabolizmu, połączyliśmy głębokie fenotypowanie kliniczne (kompleksowa charakterystyka dyskretnych składników klinicznego i biochemicznego fenotypu pacjenta) z analizą sekwencjonowania całego egzonu za pomocą półautomatycznej pipety bioinformatycznej u kolejnych pacjentów z zaburzenia rozwoju intelektualnego i niewyjaśnione fenotypy metaboliczne.
Wyniki
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie całego eksonu na próbkach otrzymanych od 47 probantów. Spośród tych pacjentów wykluczono 6, w tym 1, który wycofał się z badania. Pozostałe 41 probantów urodziło się w przeważającej mierze nieświadomych rodziców pochodzenia europejskiego. Czytaj dalej Sekwencjonowanie egzoszkieletu i leczenie zaburzeń neurometabolicznych